คณะอนุกรรมการอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ เดิมตั้งขึ้นโดยคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ ในปี พ.ศ. 2536 ซึ่งมีปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เป็นประธาน และสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เป็นฝ่ายเลขานุการ

        ต่อมา คณะอนุกรรมการอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ แต่งตั้งขึ้นตามความในหมวดที่ 1 แห่งระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพ พ.ศ. 2543 ข้อ 9 (10) ว่าด้วยอำนาจหน้าที่คณะกรรมการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพ ได้มีคำสั่งคณะกรรมการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพแห่งชาติ ที่ 1/2549 เรื่อง แต่งตั้งคณะอนุกรรมการอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ ลงวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2549 เเละในปี พ.ศ. 2557 ได้มีคำสั่งคณะกรรมการอนุรักษ์เเละใช้ประโยชน์
ความหลากหลายทางชีวภาพแห่งชาติ ที่ 4/2557 เรื่องเเต่งตั้งคณะอนุกรรมการอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ ลงวันที่ 25 ธันวาคม 2557 เพื่อให้องค์ประกอบของคณะอนุกรรมการฯมีความสอดคล้องกับสถานการณ์ปัจจุบันและครอบคลุมหน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินงานตามพันธกรณีของอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ โดยให้ยกเลิกคำสั้งคณะกรรมการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพแห่งชาติ ที่ 1/2549 ลงวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549

        คณะอนุกรรมการอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ เป็นกลไกสำคัญในการขับเคลื่อนการดำเนินงานด้านความหลากหลายทางชีวภาพของประเทศ เพื่อให้การดำเนินงานบรรลุวัตถุประสงค์หลักของอนุสัญญา ได้แก่ การอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพ การใช้ประโยชน์องค์ประกอบความหลากหลายทางชีวภาพอย่างยั่งยืน การแบ่งปันผลประโยชน์ที่ได้จากการใช้ทรัพยากรพันธุกรรมอย่างยุติธรรมและเท่าเทียม รวมทั้งเพื่อประสานกลยุทธ์และแผนปฏิบัติการในอนุสัญญาฯ และการบริหารจัดการด้านความหลากหลายทางชีวภาพระหว่างหน่วยประสานงานกลางระดับชาติกับหน่วยงานต่างๆ ให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น

        และอาศัยอำนาจตามความในคำสั่งคณะกรรมการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพแห่งชาติ ที่ 1/2549 เรื่อง แต่งตั้งคณะอนุกรรมการอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพ ข้อ 2.6 แต่งตั้งคณะทำงานในการดำเนินงานด้านความหลากหลายทางชีวภาพตามความเหมาะสม จึงได้มีการแต่งตั้งคณะทำงาน 3 ชุด

 คณะทำงานชนิดพันธุ์ต่างถิ่น
 คณะทำงานการเข้าถึงและแบ่งปันผลประโยชน์
 คณะทำงานอนุกรมวิธานประเทศไทย