เม่นทะเลสีดำ เปลือกทรงกลมแบน เปลือกแข็งแต่เปราะ  ปุ่มรองรับหนามอันใหญ่มีขนาดใหญ่ เป็นรู และมีรอยหยักเป็นลูกคลื่นที่ฐานของปุ่ม หนามอันใหญ่มีรูปร่างทรงกระบอกเรียวยาวปลายแหลมและยาวมาก ภายในเป็นท่อกลวง หนามอันเล็กเรียวยาวคล้ายเข็มไม่มีเงี่ยง ปกติโดยทั่วไปแล้วมีสีม่วงดำ ตลอดลำตัวรวมทั้งหนามด้วย แต่ในบางครั้ง อาจจะพบหนามเป็นลาย หรือมีสีขาวแซม ลักษณะเด่นที่เห็นได้ชัดของเม่นทะเลชนิดนี้คือ ถุงกลมรองรับอุจาระที่ยื่นออกมาจากทวารหนักมีวงแหวนสีส้มอยู่ด้านบน